深化医疗卫生体制改革、加快医疗卫生事业发展，是提高人民群众健康素质的必然要求。近年来，舟山市财政不断完善医疗卫生投入政策，加大医疗卫生投入规模，深化医疗卫生体制改革，使群众看病难、看病远、看病难状况切实改善，人民健康水平显著提高。
一是支持基层医疗卫生服务体系建设。按照“保基本、强基层、建机制”的基本要求，做好基层医疗卫生机构经常性收支差额和建设发展项目的补助政策。积极支持分级诊疗及优质医疗资源下沉工作，推动城乡医疗资源优化配置和有序利用，提升基层医疗机构的服务能力。2016年1-9月市财政共已安排基层医疗卫生服务体系建设资金2783万元。
二是支持公立医院综合改革推进。全面落实对公立医院大型设备购置、医学人才培养、重点学科建设等投入政策，合理减轻医院运行资金压力，推进医院医疗质量和服务的规范化建设，切实体现公立医院公益性性质。随着机关事业养老保险的全面实施，根据公立医院按规定补缴和计提基本养老保险及职业年金单位缴费数额，完成市级公立医院政策性补助资金下达，确保公立医院平稳运行和可持续发展。2016年1-9月市财政共补助市级公立医院资金12554万元。
三是支持基本和重大公共卫生服务项目实施。将2016年人均基本公共卫生服务项目经费标准提高到45元。针对市妇幼保健和计划生育宣传技术指导站职能整合要求，出台补助方案，构建优质高效、群众满意的妇幼健康服务体系。2016年市财政共安排重大公共卫生及重大传染病社区综合防治项目资金400万元，确保慢性非传染性疾病防控、乙肝防治、艾滋病防治、发热伴血小板减少综合症强化防控、儿童窝沟封闭预防龋齿等重大公共卫生项目顺利实施。
