角质层提供了微生物栖息的环境，事实上这些死亡的角质细胞也就是细菌的营养来源。虽然有些细菌会引起疾病，但一般来说，这些细菌大部分都可以和人体和平共处，就像是人体的一部分。
无害的好菌会排挤引起疾病的坏菌，甚至会分泌天然的抗生素来对抗坏菌捍卫自己的生存空间，使坏菌无从做大，因此大多数无害细菌也协助人体的防卫。而皮肤上的细菌以角质与皮肤分泌物为食物，事实上也等于帮助清洁皮肤，只是这种天然的清洁效果，并不能满足于文明进化后人类的感官。
“就像肠道的有益菌群一样，皮肤上的有益菌也能够帮助保护我们的肌肤免受感染。”诺维奇医学院的微生物学家、高级讲师劳拉·伯沃特说。有研究已经指出，过度清洁皮肤而导致其非常干燥甚至造成湿疹，会引发皮肤问题，比方说脓疱病或者造成感染。
皮肤上的细菌虽然大部分时间都与人体和平共处，但也不是完全无害，以大家所熟知的金黄色葡萄球菌为例，金黄色葡萄球菌是可怕的蜂窝性组织炎的元凶之一，但也是人体皮肤和黏膜上的“正常菌丛之一”(人体健康状况下就会存在的细菌族群)，平时致病力很低，只有在人体免疫力较弱或有伤口的情况下才会侵入体内。另外此类细菌会分泌“葡萄球菌壁脂酸”的化学物质，这种化学物质会抑制表皮的发炎反应，使皮肤较不容易敏感也不容易过敏，却不会影响角质层以下的免疫系统正常运作。
一般的身体清洁确实可以移除病菌，但它同时会移除对抗疾病的好菌，因此避免过度的清洁也是保持健康的做法。所以有研究显示，一般工业化发达的社会，人们的皮肤过敏、容易发炎的比例有较高的趋势，按推测这可能与过度清洁或环境中接触到较少的微生物有关。
此外，为了美容而过度去角质，会使角质层变薄，增加细菌入侵的机会，也会增加皮肤敏感的风险，所以在爱美的同时，也要注意去角质的频率不要太高。
