《方案》提出，将儿童白血病、儿童先天性心脏病等22类重大疾病纳入按病种付费范围，逐步将日间手术以及符合条件的中西医病种门诊治疗纳入病种定额结算范围。今年按病种付费数达到180种以上;2020年医保支付方式改革后将覆盖所有定点医疗机构及医疗服务，按病种付费数不少于260种，住院费用中按项目付费占比将明显下降。
对门诊病人，实行按人头定额结算。门诊血液(腹膜)透析、门诊精神病等特殊病种的相关医疗费用，实行按人头定额结算，统一定额结算标准。试行门诊按人头定额包干，明确按人头付费的基本医疗服务范围，合理确定人头定额包干标准，人头包干标准包括医保范围内所有医疗费用。对于门统、门慢、门特等门诊医疗费用，实行按项目结算。
对住院病人实行总额预算管理。参保人员在定点医疗机构发生的住院医疗费用，实行总额预算管理，分为一般住院费用和特殊住院费用。一般住院费用实行调控管理结算，特殊住院费用实行按服务项目或定额标准结算。特殊住院费用包括病种定额结算费用、床日定额结算费用、服务项目结算费用等，一般住院费用为上述特殊住院费用以外的住院费用。总额预算管理可加强对医疗行为的控制，有效遏制医疗机构开大处方、乱检查、乱收费、任意扩大服务项目等弊端。
定点医疗机构不得降低住院标准和空挂住院病人套取医保费用，定点医疗机构应严格控制药品零差价后诊疗、材料费用的不合理增长，参保人员住院期间政策范围之外自费医疗费用控制在住院总费用的8%以内。
